Lekníny nemají mnoho škůdců a netrpí ani často chorobami. Ale občas se můžeme s nějakým problémem potkat:

HMYZ

Ve vodě žijící larvy

Někdy už od května  trápí především leknínové listy, kdy do nich vykusují dírky, celé dvorce, kanálky i skryté cestičky. V takovém případě mohou být oslabeny do takové míry, že nekvetou. 

Při masivním napadení leknínů můžeme použít i insekcidní postřik, ten stříkáme pokud možno jen na líc leknínových listů. Většinou stačí jen 1 posřik.

Mšice

V teplém létě se můžeme na vzdušných listech leknínů  setkat s náletem tohoto savého hmyzu. Mšice dokáží porost leknínů na pohled odpudivě obalit a zdeformovat listy tak, že se nerozvíjejí a vypadají jako popálené. Rostliny přestávají kvést.

U menších jezírek v případě slabšího výskytu je můžeme odstranit omývání listů proudem vody z hadice, nebo pomůže dočasné ponoření (zatížení) listů pod vodní hladinu, ze které pak plovoucí mšice sebereme nebo je proudem vody zaženeme do odpadu či přepadu.

Pokud máme jezírko větší, je lepší použít postřik. Postupujeme jako u larev.

Plži

Velkým nepřítelem je zde plovatka bahenní. Ta má štíhlou vřetenovitou ulitku. Vyskytují se na spodní straně listů, kde mívá podlouhlá, rosolovitá hnízda vajíček. Pokud se přemnoží můžeme nabídnout plžům lepší sousto, než jsou lekníny. Proto jim na hladinu dáme list hlávkového salátu. Druhý den návnadu i s kořistí v podobě plžů z vody vyjmeme.

BÝLOŽRAVÉ RYBY

Jmenovitě jde o tolstolobiky a hlavně amury.  Listy leknínů jsou pro amury lákavým soustem, tudíž po čase mohou v méně rozlehlé nádrži z leknínového porostu zůstat nevzhledné cáry. Pokud chceme  mít za každou cenu býložravé ryby v nádrži společně s lekníny, nezbude než porost leknínů oplotit, nejlépe drátěným pletivem potahovaným zeleným plastem.

HNILOBA

Je to bakteriální nákaza, jež se projevuje ve dvou případech:

1.  Na rostlině leknínu poškozené během vegetace například při dopravě a přesazování.
2.  Když v dlouhé a extrémně chladné zimě jsou přírodní nádrž nebo dlouho nevyčištěné jezírko s větším množstvím tlející organické hmoty.  Příliš dlouho a hlavně nepřetržitě zamrzlé. Ledová pokrývka neumožňuje okysličení vody a odchod škodlivých plynů  z ní. Hnilobný proces má schopnost se po určité době z organických zbytků rozšířit i na kořeny a oddenky oslabených leknínů, jež v důsledku toho potom sotva vegetují nebo i uhynou.

V prvním případě obvykle stačí,pokud  hnilobou napadené kořeny a části oddenku odřežeme a rostlinu pro jistotu před zasazením ještě vykoupeme, dezinfikujeme, v růžovém roztoku hypermanganu. V druhém případě obrana spočívá především v prevenci. Jezírko pravidelně čistíme. Podle objemu vody a množství organických zbytků zpravidla jednou za dva až čtyři roky.